L'Organisation XIII, parfois simplement nommée l'Organisation, est un groupe de treize Similis supérieurs dont le but est de redevenir entier, en regagnant un cœur grâce au Kingdom Hearts. Le groupe a été crée par les Similis des six assistants d'Ansem le Sage, et est dirigé par Xemnas. Malgré son nom, l'Organisation possède en réalité un quatorzième membre, Xion.
Leader de l'Organisation XIII et Simili de Xehanort, Xemnas est le souverain d’Illusiopolis, ainsi que l’antagoniste principal dans Kingdom Hearts II.
Xigbar est le deuxième membre de l'Organisation XIII. De ce fait, il est l'un des membres les plus anciens du groupe. Il a déjà r encontré par le passé d'autres maîtres de la Keyblade, et va même jusqu'à dire à Sora qu'il est l'un des plus faibles qu'il ait croisé. Il porte notamment de nombreuses cicatrices sur le visage, infligées par Terra, alors que Xigbar était encore humain. C'est une personne antipathique, impulsive voire odieuse.
Troisième membre de l’Organisation XIII, Xaldin est manipulateur et travaille en solitaire avec un grand sens du professionalisme. Xaldin fut originalement l’un des apprentis d’Ansem le Sage, un dénommé Dilan, mais fut transformé en Sans-cœur quand lui et les autres apprentis eurent soumis leurs cœurs aux Ténèbres.
Quatrième membre de l’Organisation XIII et Simili d'Even, Vexen est celui qui a gardé le plus d’intérêt pour la science. C'est lui qui créa Néo Riku après avoir récupéré des données du véritable Riku. Vexen était le membre ayant le rang le plus élevé de l’Organisation au Manoir Oblivion, mais ironiquement, il fut aussi le premier membre de l’Organisation à être éliminé..
Cinquième membre de l’Organisation XIII et Simili d'Aeleus, Lexaeus est le plus silencieux parmi eux, exécutant les ordres sans les remettre en question. Malgré sa façon violente de se battre, il est un conspirateur qui met priorité à la discipline. Il fit parti des membres qui essayaient d'enrailler la trahison des néophytes, au Manoir Oblivion..
Sixième membre de l’Organisation XIII et Simili d'Ienzo, Zexion est certainement le plus mystérieux d’entre eux. Il faisait partie des membres supérieurs du Manoir Oblivion, en tension avec les néophytes. Il contribuait lui aussi au plan visant à utiliser Riku pour combattre Sora. Contrairement à la plupart des membres de l’Organisation, l’arme de Zexion fut pendant un moment inconnue, car utilisait ses talents hors du combat.
Saïx est le septième membre de l’Organisation XIII et le premier membre n’ayant pas été élève d’Ansem le Sage à la rejoindre. Issu d'Isa, il est considéré comme étant le bras droit de Xemnas.
Huitième membre de l'Organisation XIII et Simili de Lea, Axel est l'un des membres les plus actifs du groupe, mais aussi le mentor et meilleur ami de Roxas, le Simili de Sora, lorsqu'il faisait partie de l'Organisation.
Neuvième membre de l'Organisation XIII, Demyx n'a pas une grande influence dans le groupe et ne montre pas de grandes capacités au combat. C'est un Simili au caractère intrépide, très paresseux, jeune, excentrique dans sa manière d'être, prenant parfois ses missions à la légère, celles-ci étant avant tout des missions de recherche pour glaner des informations utiles à l'Organisation XIII.
Dixième membre de l’Organisation XIII, Luxord considère le combat comme un jeu. A l'aide de son élément, le temps, et des cartes qui lui servent d'armes, il embarque ses ennemis dans une partie où l'on joue sa vie.
Onzième membre de l’Organisation XIII, Marluxia est le seigneur du Manoir Oblivion, ainsi que l’antagoniste principal de l’histoire de Sora dans Kingdom Hearts: Chain of Memories. le numéro XI est le cerveau de la rébellion interne de l’Organisation.
Douzième membre de l'Organisation XIII, Larxene est la plus sadique d'entre eux. Elle aime se moquer des autres, ou les voir souffrir. Avant l’introduction de Xion, le quatorzième membre, Larxene était la seule femme de l’Organisation.
Roxas est le treizième membre de l'Organisation XIII. Il causa la surprise générale à la sortie de Kingdom Hearts II, car il est contrôlé au début du jeu à la place de Sora. Ce remplacement s'explique par le fait que Roxas soit le Simili de ce dernier. Comme son original, il maîtrise la Keyblade, d'où son surnom de "La Clé du Destin".